El Espejo, como toda organización secreta, precisa de una organización muy compleja para mantener su seguridad y maniobrabilidad en todo momento. Sin embargo, la estructura es bastante simple. Ya se sabe que la simpleza siempre tiene sus ventajas.

Los Agentes Ignorantes son el grupo más bajo de Agentes que tiene la organización. Todo aquel que se encuentra en una de las "zonas de entrenamiento especial" de la organización es considerado uno de ellos. A menudo realizan trabajos para la asociación, funcionando como peones a su servicio, y sin que se les diga nada. Además, según la opinión de la sociedad, son prescindibles, así que a menudo se les emplea en misiones demasiado suicidas como para arriesgar a un Agente con Nivel de Acceso. Ninguno conoce la existencia de El Espejo ni ninguno de sus secretos, y sólo conocen a un Agente de Reclutamiento. Tienen estrictamente prohibido hablar de ellos mismos con sus compañeros Agentes Ignorantes, pues las rencillas que podrían surgir entre ellos son demasiado peligrosas para el grupo. 

Los Agentes con Nivel de Acceso son el grupo más amplio de agentes de la organización. Se les concede un Nivel de Acceso de 1 al terminar el entrenamiento, y pueden ascender hasta un nivel de 9 con el tiempo. El Nivel de Acceso, es, como su nombre indica, el grado de conocimiento al que tiene acceso el agente sobre lo que realmente ocurre. Al principio saben muy poco sobre la organización y su entorno, y, con el tiempo, van ganando acceso a las Bibliotecas Cerradas con un mayor código de seguridad. Por supuesto, todo agente con menor Nivel de Acceso es su inferior y se le pueden dar órdenes, así como cualquiera con un mayor nivel puede dar órdenes a uno con menos. Los Agentes con Nivel de Acceso son los agentes de campo de la sociedad secreta, y son muy valiosos para esta, que se niega a desperdiciar ninguno de ellos. Además, son totalmente leales al Espejo por una experiencia terrible que pasan en Moonlight cuando ganan el Nivel 1, y que varía según el agente.

Los Agentes de Reclutamiento son un tipo de Agentes con Nivel de Acceso que varía entre 1 y 3. Son una división especial formada por los que, por cualquier razón, han sido retirados de servicio activo antes de ganar cierto nivel, y ya no pueden seguir aumentando. Son destinados en la Tierra, donde son los encargados de que lleguen nuevos Agentes a la organización, una tarea que es vital para la organización, así como de actuar de contactos y proveedores para sus compañeros en el planeta azul.

Los Agentes de Observación son todos aquellos agentes con un Nivel de Acceso entre 4 y 5 que han sido retirados del servicio activo por un motivo dado. Sin embargo, tienen demasiados conocimientos como para "desperdiciarlos" trabajando como Agentes de Reclutamiento. Se quedan en muy diversos lugares, observando todo lo que ocurre. Usan satélites, cámaras y cualquier otro dispositivo que no implique una observación directa. También se les encarga a menudo la tarea de vigilar los edificios más importantes de la organización, y advertir de cualquier problema que pueda surgir. Son considerados como una muy importante fuente de conocimiento por sus compañeros, que, a menudo, acuden a ellos cuando necesitan información sobre cualquier tema. Suelen tener conocimientos de la Matriz y acceso al nodo de la sociedad.

Los Agentes Ocupantes son todos aquellos agentes con un Nivel de Acceso entre 6 y 9 que han sido retirados del servicio activo por el motivo que sea. Son transportados a Moonlight, donde se encargan de todo lo que hace falta allí. Vigilan, coordinan los vuelos y las telecomunicaciones, se encargan de proveer a los demás con los objetos necesarios de la Tierra, y realizan multitud de trabajos con las redes de satélites que flotan en torno al planeta.

Los Agentes Especiales son escasos y muy valorados. Tienen un Nivel de Acceso que oscila entre 10 y 13, y, por lo tanto, están enterados de la mayoría de los pormenores de la organización. Normalmente no hay más de cincuenta repartidos por todo el mundo, en aquellos lugares más conflictivos o donde son más necesitados, controlando a los Agentes inferiores con eficacia. A menudo, informan de sus actividades sólo al Cónclave.

Los Agente del Cónclave son escasísimos y son las cabezas de la organización, con un número que no suele subir de la quincena. Sus niveles oscilan entre el 14 y el 15, y participan en todo lo que es la dirección de la sociedad, en la toma de decisiones y en la sopesación de problemas. Viven todos en Moonlight, y se reúnen en la Sala del Cónclave, una sala circular en cuyas bandas se sientan los presentes mientras que uno expone en el centro, encarado con el estrado del Gran Maestre. Cualquier Agente Especial retirado del servicio activo se convierte en Agente del Cónclave, así como cualquiera que demuestre un especial mérito.

El Gran Maestre es el líder de la organización, y vive Moonlight. Es el único agente con acceso total a todo los datos de la sociedad, y su cargo es vitalicio. Se encarga de todas las decisiones, y tiene un grupo de Agentes Especiales de nivel 13 llamados los Garras Negras  que sólo lo informan a él. 

Bien, esa es la jerarquía dentro de la sociedad. Hay que salientar el hecho de que no hay números plausos para ninguna de las categorías, lo que evita la aparición de problemas entre los Agentes por motivos de ascensos. La única excepción es el Gran Maestre, que sólo puede ser depuesto bajo unanimidad de votos del Cónclave... esto, evidentemente, significa la muerte del antiguo Gran Maestre.